El I.E.S. Bahía de Algeciras comenzó a funcionar en el curso 2000-2001.
Anteriormente era el Colegio de Educación Primaria “Bahía de Algeciras”, siendo el colegio de referencia de la barriada San José Artesano, donde se ubica.
El edificio fue construido en el año 1978 y empezó a desarrollar su actividad en el curso 1979-80.
Durante el curso 2000-2001 comenzó a funcionar como Instituto de Educación Secundaria impartiendo los tres primeros cursos de la ESO. El curso siguiente se completó toda la etapa educativa con la impartición de clases de 4º de ESO..
En el curso 2007-08 el centro fue seleccionado para participar en el Plan Centro Bilingüe y se comenzó a funcionar con una línea como sección bilingüe en inglés, siendo uno de los primeros centros bilingües de Algeciras. Posteriormente se fueron ampliando las líneas bilingües. En el curso 2016-17 todas los grupos de 1º de ESO fueron bilingües y desde el curso 2019-20 todo el alumnado del instituto pertenece al plan bilingüe.
Durante los cursos escolares 2017-18, 2018-19 y 2019-20 el centro participó en el programa para la elaboración y puesta en funcionamiento del Proyecto Lingüístico de Centro, que ha supuesto otra importante mejora en el tratamiento didáctico de las lenguas.
Desde el curso escolar 2021-22 participamos en el proyecto Ecoescuelas, con los objetivos de conseguir ser un centro más eficiente ambientalmente y de conseguir que la comunidad educativa se conciencie de los graves problemas ambientales que nos amenazan y juntos actuemos para conseguir un mundo más seguro y mejor. Este proyecto también supone cambios en la gestión, organización y participación en el centro. Dentro de este proyecto se ha iniciado un programa de recuperación ambiental del recinto del instituto para usarlo como recurso educativo, que incluye, por ahora, la creación de un jardín botánico y un aula exterior (ecoaula).